Villa perteneciente a la Merindad de Cuesta Urria en el Partido de Castilla la Vieja en Laredo, jurisdicción de realengo y de abadengo con regidor pedáneo.
En la misma localidad de Cillaperlata existió un asentamiento alto medieval, testimoniado en una cueva eremítica situada junto al Ebro. En el lugar donde se emplaza la Ermita de la Virgen de Encinillas, se produjo la sangrienta batalla del Negro Día, librada entre moros y cristianos. En la iglesia parroquial existe una talla románica de la Virgen de Covadonga, que según cuenta la tradición es la talla original de la que se copió la que hoy en día preside la basílica asturiana.
Según el antiguo párroco de Cillaperlata, Carlos García, la relación histórica entre Asturias y Cillaperlata es grande, ya que, cuenta, tras la batalla de Covadonga, parte del Ejército de Don Pelayo marchó hacia Oviedo y otra parte hacia el Norte de Burgos: “Y donde está la central eléctrica de Trespaderne hubo una batalla el 9 de agosto del año 779”. Tras varios días de lucha, cuenta la leyenda, la Virgen hizo un milagro y los cristianos derrotaron a los moros. Esa misma leyenda dice que el milagro de la Virgen, la de las Encinillas, fue alargar en dos horas la duración de aquel , hasta entonces , duro día , por lo que esta Virgen también se conoce como la del Negro Día.
Destruido el Monasterio de Benedictinos durante la guerra de la Independencia , la imagen de Covadonga pasó a la Iglesia de La Ribera, pueblo anterior a Cillaperlata, y después a este, donde la iglesia fue conventual durante mucho tiempo y no pasó a depender del clero diocesano hasta 1914.
Desde entonces , la Virgen de Covadonga es la patrona de Cillaperlata , en donde en realidad lo que se celebra es la romería de la Virgen de Encinillas y, como fiesta del pueblo, la Exaltación de la Cruz el día 14 de Septiembre, una semana después de la fiesta de Nuestra Señora de Covadonga, día que en Cillaperlata pasa desapercibido.
En Cillaperlata, algunos vecinos ni siquiera saben que el nombre de su parroquia es Nuestra Señora de Covadonga . Para ellos, la Virgen famosa es la de Encinillas hasta el punto de que en una época en que hubo robos en la zona , se llevaron a su virgen a casa para protegerlo.